定量生物物理研究组

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邓海游
E-mail:hydeng@mail.hzau.edu.cn
目前主要研究方向为蛋白质结构预测,包括蛋白质序列分析、能量函数设计、构象搜索设计以及相关的生物信息学软件开发。

工作经历:

01/2015至今: 华中农业大学,理学院,讲师、副教授

教育背景:

09/2012 – 09/2014: 密歇根大学,计算医学与生物信息学系,联合培养博士生

09/2011 – 12/2014: 华中师范大学,物理学院,理论物理,博士

09/2008 – 06/2011: 华中师范大学,物理学院,理论物理,硕士

09/2004 – 06/2008: 湖南科技大学,物理学院,物理学,本科

研究方向:

目前主要研究方向为蛋白质结构预测,包括蛋白质序列分析、能量函数设计、构象搜索设计以及相关的生物信息学软件开发。

本科教学:

主讲本科生《大学物理学》及《大学物理实验》。

科研基金:

1、国家自然科学基金青年基金,11604111,蛋白质结构预测中全原子结构重建性能的系统研究,2017/01-2019/12,18万元,在研,主持。

2、国家自然科学基金理论物理专款,11547255,假构象启发的蛋白质折叠能量函数研究,2016/01-2016/12,5万元,结题,主持。

3、中央高校基本科研业务费专项资金,2662015BQ045,基于构象集的蛋白质能量函数设计与构建,2015/01-2017/12,15万元,结题,主持。

发表论文:

Zhongwang Yu, Yuangen Yao,Haiyou Deng*, Ming Yi*, ANDIS: an atomic angle- and distance-dependent statistical potential for protein structure quality assessment. BMC Bioinformatics, (2019) 20:299

Song Mao, Shuai Wang,Haiyou Deng*and Ming Yi*, Effects of Mg2+ on the binding of the CREB/CRE complex: Full-atom molecular dynamics simulations. Chinese Physics B, 2019, Vol. 28(7) , 078701

Haiyou Deng,Ya Jia, Yang Zhang,Protein Structure Prediction.International Journal of Modern Physics B. 2018; 32:1840009

Yuangen Yao , Rong Gui, Quan Liu , Ming Yi,Haiyou Deng*, Diverse effects of distance cutoff and residue interval on the performance of distance-dependent atom-pair potential in protein structure prediction. BMC Bioinformatics. 2017; 18:542

Haiyou Deng,Ya Jia*, Yang Zhang*, 3DRobot: Automated Generation of Diverse and Well-packed Protein Structure Decoys. Bioinformatics, 2016,32(3):378-87

Haiyou Deng,Quan Liu, Wei Cao, Rong Gui, Chengzhang Ma, Ming Yi, Yuangen Yao*, qiRNApredictor: a novel computational program for the prediction of qiRNAs in neurospora crassa. PLoS ONE, 2016, 11(7): e0159487.

Haiyou Deng,Ya Jia, Yang Zhang*,Protein Structure Prediction, Acta Physica Sinica, 2016, 65, 178701

Haiyou Deng,Ya Jia, Yanyu Wei, Yang Zhang*,What is the best reference state for designing statistical atomic potentials in protein structure prediction? Proteins: Structure, Function, and Bioinformatics, 2012,80: 2311-2322.

软件著作权证书:

1.软件名称:基于原子距离及方位角的蛋白质结构质量评估软件(简称:ANDIS),著作权人:华中农业大学,开发人:邓海游,登记号:2019SR0643363

2.软件名称:蛋白质高质量三维假构象批量产生软件(简称:3DRobot),著作权人、开发人:邓海游,登记号:2017SR572037

3.软件名称:蛋白质结构筛选评估的多参考态统计势软件(简称:PMF_REF),著作权人、开发人:邓海游,登记号:2017SR572042